2月6日，广东省人民政府任免工作人员通知显示，中国科学院院士毛军发已不再担任深圳大学校长。

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2020年4月，毛军发任上海交通大学党委常委、副校长。2022年2月，毛军发任深圳大学校长；11月，深圳大学获批“射频异质异构集成全国重点实验室”，毛军发任实验室主任。2024年5月30日，毛军发牵头发起计算机科学与技术（IEEE荣誉班）并担任首届荣誉班主任；6月24日，领衔的“射频系统设计自动化关键技术与应用”项目被授予国家科技进步奖一等奖。

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